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Par ailleurs, la réorganisation des partisans s'accompagne de la mise sur pied d'une troupe d'élite, exemple de discipline et d'efficacité pour les autres unités. A cette fin, le 21 décembre 1941, le comité central du PCY décide la création de la première brigade de choc prolétarienne de libération nationale. L'unité regroupe plusieurs bataillons venant de différentes régions (Bosnie, Serbie, Monténégro), affirmant ainsi le caractère multinational des partisans. Elle se voit attribuer un drapeau marqué de la faucille, du marteau, de l'étoile rouge et portant le nom de la brigade. De plus, chaque bataillon reçoit un emblème similaire mais plus petit. La dimension idéologique est donc pleinement revendiquée.

En février 1942, après l'installation des partisans à proximité de Sarajevo, l'organisation définitive des brigades de choc est promulguée (voir figure 1).
Les brigades sont formée de combattants "en acier trempé", volontaires, expérimentés et prêts à servir partout en Yougoslavie. Ces unités mobiles constituent le noyau de la future armée populaire. Servir dans ces brigades est le plus grand honneur qui puisse échoir à un combattant même si une discipline de fer y règne. En effet, des cours martiales de 3 à 5 personnes sont prévues jusqu'au niveau du bataillon et des partisans issus du rang sont appelés à y siéger.

Chaque brigade - une deuxième est créée en mars - a une organisation complexe mais très souple.
Elle compte tout d'abord une compagnie de commandement formée de cinq éléments :

- un état-major composé d'un chef militaire, d'un commissaire politique et de leurs adjoints qui doivent travailler et prendre leurs décisions en commun. Les commissaires politiques sont "l'âme des unités (.) les représentants du peuple et les gardiens de ses intérêts" mais leurs tâches demeurent avant tout à caractère politique et idéologique.
- un peloton de cavalerie de 30 hommes commandé par un sergent et destiné à remplir des missions de reconnaissance ;
- un peloton de transmissions regroupe les courriers, les téléphones et les radios disponibles ;
- un peloton de pionniers avec un certain nombre de groupes de spécialistes : sapeurs, troupes d'assaut, saboteurs, etc. ;
- une équipe "culturelle", ou plutôt de propagande, veille sur le moral des troupes en organisant des débats, en présentant des pièces de théâtre, en publiant des tracts, etc. ;

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