On peut considérer que la date de création définitive du corps du Génie est le 15 décembre 1793.

C'est à ce moment que les compagnies de mineurs sont séparées de l'artillerie  et que sont créés 12 bataillons de sapeurs. Les 12 bataillons de sapeurs comprennent chacun 8 compagnies de 200 hommes et sont dirigés par un état-major de 400 officiers. Il faut souligner que dans cette organisation, le transport des ponts de bateaux reste sous la responsabilité de l'artillerie.

Pendant l'Empire, le Génie devient un Corps important occupé aux innombrables travaux de guerre et de fortification. Son effectif dépasse souvent les 20.000 hommes.

1805

En 1805, le Génie compte :

• 5 bataillons de sapeurs ;
• 9 compagnies de mineurs.

Le nombre des bataillons de sapeurs est progressivement porté à 8 (5 français, 1 hollandais, 1 italien, 1 espagnol).

1806

En 1806, est créé 1 bataillon du train du génie (qui comprend 6 compagnies en 1811). La même année, est créé pour chaque bataillon de sapeurs un parc d'outils porté par les sapeurs conducteurs.

1808

En 1808, les compagnies de mineurs sont réunies en 2 bataillons de 5, puis 6, compagnies chacun.

1812

En 1812, le génie engage dans la campagne de Russie ses 8 bataillons de sapeurs (dont les 3 étrangers) et 2 bataillons de mineurs, soit plus de 13.000 hommes. A la suite de la désastreuse retraite, le nombre des bataillons de sapeurs est réduit à 5.

1814

En 1814, la première restauration abandonne la répartition des compagnies entre bataillons spéciaux de mineurs et de sapeurs et réorganise le Génie en 3 régiments de sapeurs-mineurs.

Chaque régiments compte 2 bataillons à 6 compagnies chacun (5 de sapeurs et 1 de mineurs). Le Génie de la Garde est purement et simplement supprimé. Cette réorganisation n'est pas complètement achevée lors du retour de l'Empereur.

1815

En 1815, les 3 régiments du Génie fournissent des éléments pour la campagne de Belgique avant d'être dissous par la seconde restauration.